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Text File  |  1996-02-21  |  5KB  |  97 lines

  1. # Message file for IsoMass
  2.  
  3. # data for the isotopes
  4. # must be in the correct format
  5. # symbol:lowest mass isotope,number of isotopes (including "missing" ones),fractions
  6. # "missing" isotopes must be entered as zero
  7.  
  8. C:12,2,0.989,0.011
  9. H:1,2,0.99985,0.00015
  10. N:14,2,0.9963,0.0037
  11. O:16,3,0.99762,0.00038,0.002
  12. Cl:35,3,0.7577,0,0.2423
  13. Br:79,3,0.5069,0,0.4931
  14. I:127,1,1.00
  15. Si:28,3,0.922,0.047,0.031
  16. Ge:70,5,0.205,0,0.274,0,0.365
  17. Sn:116,5,0.143,0,0.240,0.0858,0.3285
  18. Pb:204,5,0.0148,0,0.236,0.226,0.523
  19. S:32,5,0.950,0.0076,0.0422,0,0.0002
  20.  
  21. #Help messages
  22.  
  23. IbarH:\TIsoMass application, which calculates isotopic abundance ratios from chemical formulae|M\Sopen the main \w to enter the formulae
  24. H1:This application calculates isotopic abundance ratios from formulae entered in the main window, using natural abundance ratios for all the common isotopes.
  25. H2:The author Chris Johnson may be contacted at:-|M7 Lovedale Grove, Balerno, EDINBURGH EH14 4AS
  26. H3:This is the version number and the date it was produced. Please quote this in any correspondence.|MRegistered users can obtain the latest version by sending a disc + return postage to the author
  27. H4:This window gives information about IsoMass
  28. H5:This is the IsoMass application|MThis window shows a schematic plot of the isotope distribution for the molecule whose formula you entered|MIt should be compared with the actual mass spectrum.
  29. AbunH1:This \w shows the calculated isotope ratios for the formula entered. Ratios less than %0 are ignored|M
  30. AbunH2:The intensities are relative to the largest peak, set equal to 100
  31. AbunH3:The intensities have been normalised to a chosen peak
  32. AbunH4:The intensity of each peak is expressed as a fraction of the total
  33. AbunH5:|MClick MENU to change the way the data is displayed
  34.  
  35. FormH:\TIsoMass application|MThis \w allows you to enter a formula|MIt also shows the calculated isotopic abundance, and a bargraph of intensity corresponding to the formula
  36. FormH0:Enter the formula using the normal chemical symbols (e.g. C or Cl).|MEach symbol must be followed by a number of atoms including 1.|ME.g. C1H4 for methane, Si1H4 for silane|MIsoMass does not necessarily know about every element
  37. FormH2:\Scalculate the isotopic abundance for the formula you have entered
  38. FormH3:\Sclose this window|MClick \s on the iconbar icon to reopen the window|MThe current data will be retained
  39. FormH4:\Sget even more information about IsoMass
  40. FormHG:This part of the \w gives a bargraph display of the isotope pattern
  41.  
  42. H8:Enter here the mass number of the isotope to be used as reference peak|MIt must be one of the peaks listed in the abundance \w
  43. H9:Enter here the height (intensity) of the peak you have chosen to be the reference peak
  44. H10:Click here to carry out the normalisation.
  45. H11:Use this window to normalise the isotope ratios to any peak height.|M
  46. NormH5:\Sto close this \w and ignore anything you have entered
  47.  
  48. HelpH:\Tadditional information \w for IsoMass
  49.  
  50. SaveW0:\Da directory viewer to save the data in %0 format
  51. SaveW:This \w allows you to save your data in %0 format
  52. SaveW1:Enter the name for the file you wish to save|MIf the full path name is entered you may then click on OK or press RETURN|MIf you just enter the filename then you must drag the file icon to a directory viewer
  53. SaveW2:\Ssave the data in %0 format|MThe full path name must be set up in the writable icon for this to work
  54.  
  55. # menu help messages
  56.  
  57. Mibar0:\Rsee information about IsoMass and the author
  58. Mibar1:\Squit the IsoMass application|MAll windows will be closed, and the IsoMass icon removed from the iconbar
  59.  
  60. Mform0:\Rchange the way the results are displayed
  61. Mform0>0u:\Sdisplay the abundance of each peak as a fraction of the total
  62. Mform0>0t:This item is ticked - the abundance of each is shown as a fraction of the total
  63. Mform0>1u:\Sset the largest (base) peak to 100, with other peaks expressed relative to the largest peak
  64. Mform0>1t:This item is ticked - the largest peak is set to 100, with other peaks expressed relative to the largest peak
  65. Mform0>2:\Rnormalise the isotopic abundance to any base peak
  66. Mform0>3:\Rchange the number of significant figures used to display the results
  67. Mform0>3>0/Mform0>3>1/Mform0>3>2:\Schoose the number of significant figures used to display the data
  68. Mform0>4:\Rchange the threshold intensity below which peaks are ignored
  69. Mform0>4>0/Mform0>4>1/Mform0>4>2:\Schoose the size of the smallest peak to display
  70. Mform1:\Rsave the data as a text file, or in MSplotter format
  71. Mform1>0:\Rsave the data as a text file
  72. Mform1>1:\Rsave the data in MSplotter format
  73. MformSig:This item is ticked - it shows the number of significant figures being used to display the data
  74. MformIg:This item is ticked - it shows the threshold level below which peaks are ignored
  75.  
  76. # error messages
  77.  
  78. E0:Out of indirect memory for icon. Application terminated.
  79. E1:Zero number of atoms entered
  80. E2:Too large a number of atoms (99 max)
  81. E3:Unrecognised symbol (%0) in formula
  82. E4:Isotope ratios not calculated
  83. E5:Enter a mass within the range of masses shown in data window
  84. E6:Height to normalise to must be a positive value
  85. SaveEr1:To save, drag the icon to a directory viewer
  86. FileEr1:Data Transfer Failed, receiver died
  87. FileEr2:Data transfer aborted, ram transmit not acknowledged
  88.  
  89. # menu items
  90.  
  91. Ibar:Iso Mass,Info,Quit
  92. Result:Iso Mass,Display,Save data
  93. Disp:Display,As fraction,Base=100,Normalise|,Sig figs,Ignore below
  94. Sigfigs:Sig figs,3,4,5
  95. Ignore:Ignore below,0.01 / 1%,0.001 / 0.1%,0.0001 / 0.01%
  96. Save:Save data,As text>,As MSdata>
  97.